Episodio 1
La temporada comienza en la misma escena donde nos dejó la cuarta temporada, Sydney Bristow y Michael Vaughn en el coche camino de sus vacaciones. Tras el accidente, Syd queda inconsciente, cuando se recupera, ha llegado ya la ambulancia y ...
Episodio 2
Sydney Bristow se asocia con Renée Rienne (una fugitiva buscada por la CIA) para descubrir al asesino de Michael Vaughn y evitar que ataque de nuevo. Mientras, Jack Bristow recluta a un nuevo agente, Thomas Grace, quien más ...
Episodio 3
Una mujer penetra en unas instalaciones militares en Turquía para robar un dial de algo llamado sustancia 33, un agente biológico desarrollado por los rusos tras la Guerra Fría. En APO, Marshall sugiere que el robo ha sido ...
Episodio 4
Mientras Sloane espera la resolución de su sentencia por traición, un misterioso asociado de Gordon Dean le requiere para un favor a cambio de influir en la conducta del jurado.
Episodio 5
Sydney y Tom viajan a Marseilles (Francia) cuando descubren que Renée ha robado el crio-contenedor que aloja el cuerpo congelado de su supuesto padre muerto.
Episodio 6
Sydney y el equipo de APO consiguen infiltrarse en una fiesta formal de la embajada china en La India para localizar a un traficante de armas.
Episodio 7
Sloane decide traicionar a Dean cuando descubre que la condicional de Nadia no prosperará.
Episodio 8
Un incidente relacionado con una bomba de microonda lleva a APO a enviar a Rachel a Sao Paolo para investigar esta arma. Pero otra persona llamada 'Bob' ya ha ido tras esa información.
Episodio 9
Cuando Kelly Peyton roba a la CIA software relacionado con Michael Vaughn, Sydney es secuestrada por los agentes de Profeta Cinco para hipnotizarla y hacer a su mente regresar a sus tiempos felices con Vaughn.
Episodio 10
Tras escapar de Peyton y sus secuaces y descubrir que está en un buque de carga, Sydney se mete a la sala de comunicaciones para enviar un mensaje a APO y permitir que la CIA siga sus pasos.
Episodio 11
Tras nueve meses de embarazo y dejar la maternidad, Sydney se sorprende de que su madre, Irina Derevko, manifieste ser una víctima perseguida por Profeta Cinco para recibir información relacionada con 'El horizonte'.
Episodio 12
Un mes después, con Sydney de baja por maternidad, se ve forzada a volver al campo de trabajo con la vuelta de su vieja enemiga Anna Espinosa.
Episodio 13
Mientras Sydney y el resto de APO intentan descubrir más sobre Profeta Cinco y sus planes, Sloane recibe de parte de Profeta Cinco un bote de suero con la cura para Nadia.
Episodio 14
Un chip informático es encontrado en el cuerpo muerto de Renée, llevando a Sydney a contactar con Vaughn.
Episodio 15
Sydney debe mantener el secreto y trabajar con Sark para localizar la pista de Ramaldi, perdida en una cárcel italiana, antes de que Sloan, Peyton y el resto de Profeta Cinco lo hagan primero.
Episodio 16
Sloane hostiga a Rachel y Marshall para forzarlos a ayudarle a encontrar la pista de Rambaldi donde él la ha perdido.
Episodio 17
En medio de las consecuencias de la destrucción de APO, Sydney, Jack y Vaugh deben encontrar una forma de detener a Irina Derevko y Arvin Sloane, empeñados en llevar a cabo el Armagedon final de Rambaldi.
