Episodio 1
Es la vuelta al cole. Tras la calma de las vacaciones de verano, no pasa mucho tiempo hasta que nuestros héroes tienen que volver a enfrentarse a XANA.
Episodio 2
Es hora de elegir a los delegados de clase. Jérémie, convencido de que Hervé será su único oponente, seguramente será elegido.
Episodio 3
XANA ha encontrado una manera de elevar el nivel del mar digital, "inundando" Lyoko y bloqueando el acceso de los héroes al Sector 5.
Episodio 4
Una agencia gubernamental ultrasecreta descubre que Jérémie ha pirateado su sistema informático.
Episodio 5
Aelita tiene dificultades para aceptar la desaparición de su padre. Ella confía en Jérémie y le expresa sus dudas: ¿y si Franz Hopper todavía estuviera vivo en algún lugar?
Episodio 6
Johnny, el amigo de Hiroki, está enamorado de Yumi. Tímido e inexperto, necesita consejos para seducirla.
Episodio 7
Después de encontrarse con Yumi en medio de la noche en la calle, William está decidido a descubrir qué está haciendo ella.
Episodio 8
Ulrich y Odd son víctimas de un extraño fenómeno: aunque han vuelto al mundo real, están convencidos de que siguen en Lyoko.
Episodio 9
Jérémie se da cuenta de que un hombre bajo la influencia de XANA saboteó el superordenador. Este último quedará irremediablemente destruido si Jérémie no lo repara rápidamente.
Episodio 10
Jérémie cree que finalmente ha encontrado una manera de virtualizar a sus amigos directamente en el Sector 5. Ulrich es designado para hacer de conejillo de indias.
Episodio 11
Odd está frustrado: Ulrich, Aelita y Yumi tienen poderes especiales, mientras que él no tiene nada más que sus flechas láser.
Episodio 12
Nuestros héroes están agotados. Pasan su tiempo luchando contra XANA, lo que tiene consecuencias desastrosas en sus resultados académicos.
Episodio 13
William se unió al grupo de guerreros de Lyoko. ¡Está ansioso por enfrentarse a XANA y a los monstruos virtuales por primera vez!
