La temporada 2 de El Cartel de los Sapos comenzó el 17 de mayo de 2010 y contiene un total de 50 episodios.
Episodio 1
Mientras los señores de la droga don Mario y el Cabo inician una guerra, Buñuelo y Pirulo son encarcelados, y Pepe recibe libertad condicional tras su arresto en Miami.
Episodio 2
Pepe logra hacer un trato con un agente de la DEA para evitar la extradición. Raymundo escucha una llamada de la novia del jefe, y Juan B viaja a Colombia.
Episodio 3
Raymundo sigue a la novia de su jefe, mientras don Mario planea matar a Caremotor, y Pepe amenaza a algunos matones en su territorio.
Episodio 4
Don Mario busca a Caremotor y amenaza a cualquiera que se cruce en su camino. Pirulo habla con Luis Fernando, un "capo" de Brasil, sobre cómo escapar de la cárcel.
Episodio 5
Después de que la policía encuentra una pila de efectivo en su automóvil, John manda lejos a su familia. Entretanto, Paredón complota un asesinato.
Episodio 6
Para prepararse para un enfrentamiento por sus tierras, Pepe compra un rifle, mientras Pirulo se alista para escapar de la prisión, y John se esconde de Paredón.
Episodio 7
Peter felicita a Pepe por su trabajo de informante, mientras que Juan B nombra a Rocky director de distribución de frontera. Valderrama es entregado a la policía.
Episodio 8
Madero descubre que Caremotor trafica drogas en un submarino, mientras Pepe cierra un trato con Farid. Pirulo se entera de que su contador se entregó a la policía.
Episodio 9
Larissa descubre que su esposo tiene una amante, mientras Racines se muda a la casa del Puma. Madero descubre las coordenadas de Caremotor.
Episodio 10
Larissa escapa de la casa de Caliche, pero este envía a Antenas tras ella. La policía desbarata el escondite de Caremotor, mientras Pepe organiza un encuentro con Farid.
Episodio 11
Madero sigue a Caremotor hasta Ecuador. El Cabo ordena que John se encargue de cuatro informantes en EE. UU., mientras que Pirulo y Luis están listos para escapar.
Episodio 12
Su huida resulta un fracaso, y a Pirulo y a Luis los detienen en la cárcel, mientras que la DEA arresta a Farid.
Episodio 13
Farid ayuda a la DEA compartiendo sus informes sobre el Puma y Negrete. Olano vacía el rancho de Pepe, y el Cabo efectúa un concurso de modelos en un hotel.
Episodio 14
En Ecuador, Madero logra atrapar a Caremotor, mientras que los paramilitares buscan al Puma en Colombia. Racines y Andrea continúan con su amorío.
Episodio 15
Mandan a Caremotor a Colombia para enjuiciarlo. El esposo de Zully la amenaza en la clínica, y el Cabo se interesa cada vez más en Vicky, la modelo.
Episodio 16
En Colombia, Caremotor descubre que los hombres de don Mario asesinaron a su familia. El Puma trata de matar a su esposa.
Episodio 17
Raymundo trabaja con la DEA para atrapar a Caliche, su jefe. Mario se entera del amorío de Racimen y va en la busca de su enemigo, Cabo.
Episodio 18
Don Mario se presenta en el concurso de modelaje listo para matar al Cabo. Zully hace un trato con el fiscal para incriminar a Oliver, pero el traficante se escapa.
Episodio 19
Después del tiroteo del bar, el Cabo sale huyendo. Rocky estrecha lazos con Johanna, y Madero logra una captura muy importante.
Episodio 20
El testimonio de Caremotor pone al Pajarraco tras las rejas. Las pistas de Zully llevan a que la DEA capture a Oliver. La esposa de Buñuelo arregla su fuga de la cárcel.
Episodio 21
Pepe huye hasta donde Anestesia, quedando a un paso de los esbirros de Rocky. Madero se preocupa porque su socio pueda estar involucrado con los narcotraficantes.
Episodio 22
Andrea se entrega a la DEA para recuperar a su hijo, y el Pajarraco ofrece convertirse en informante. XL y Rocky recuperan sus drogas confiscadas.
Episodio 23
El Pajarraco le cuenta a Madero y al agente Peter sobre las operaciones de don Teto y don Mario. Antenas revela información sobre los embarques de droga de Caliche.
Episodio 24
Atacado por el dolor de estómago el Cabo visita a su doctor, quien especula que puede ser que tenga cáncer de colon. Pepe y Anestesia hablan con un agente de la DEA.
Episodio 25
Madero captura a don Teto. Antenas ayuda a la DEA a confiscar la mercancía de Caliche en las Bahamas, y Caliche se las arregla para huir.
Episodio 26
Rocky confiesa su amor a Johanna, y la DEA y la policía mexicana lo capturan. El Cabo y don Mario llegan a un acuerdo a través de sus jefes.
Episodio 27
Esperando capturar al Golfo, Lilian finge ser una prostituta, mientras que los hombres de XL matan a Racines con el fin de mantener el acuerdo entre don Mario y el Cabo.
Episodio 28
John discute con Las Tres Cruces, los asesinos, y luego se reúne con Pepe y Anestesia. La policía mexicana y la DEA atrapan al Golfo y mandan a Pirulo a los EE. UU.
Episodio 29
John trata de matar a Pepe, quien lo derrota y lo entrega a la DEA. El Cabo le ruega a Vicky que lo perdone, y Patricia decide ayudar a la policía.
Episodio 30
Caliche descubre que Raymundo es un soplón y lo manda en una misión. Antenas es despedido como informante, y Zully descubre que su hermana escapó.
