Desde la España medieval hasta Madrid en 1981 pasando por el Nueva York de 1924, el experimentado equipo continúa con su misión secreta de viajar en el tiempo.
Episodio 1
El Ministerio viaja al siglo XI para resolver un misterio relacionado con los restos del Cid. Julián debe afrontar las consecuencias de sus actos.
Episodio 2
Pacino, un policía que desapareció en 1981, reaparece en el presente y descubre que es sospechoso del asesinato que estaba investigando.
Episodio 3
Pacino se une a la patrulla en su nueva misión: asegurarse de que Miguel de Cervantes publique "Don Quijote de la Mancha" en 1604.
Episodio 4
Un antepasado de un político español clave para la transición española podría morir, lo que pondría en peligro la esperada llegada de la democracia.
Episodio 5
Irene contrae la gripe española durante una misión en 1918. Susana insiste en traerla de vuelta al presente poniendo en peligro a todo el Ministerio
Episodio 6
La patrulla visita el mundo mágico de Houdini, en el Nueva York de los años 20 ya que la propia existencia del Ministerio corre peligro.
Episodio 7
Corre el siglo XI y Julián está escondido en Filipinas donde le hace una promesa a un soldado malherido por la que se verá involucrado en una peligrosa situación.
Episodio 8
Salvador le encomienda a Alonso la misión de salvar a Julián que sigue atrapado en el sitio de Baler en Filipinas.
Episodio 9
Un cuadro de Velázquez se vende en una subasta de 2016, pero esa pintura se quemó en el incendio del Alcázar de Madrid de 1734. El equipo viaja para investigarlo.
Episodio 10
Irene investiga un misterio relacionado con un grupo de mujeres artistas de vanguardia olvidadas. El Ministerio descubre que la Vampira del Raval está en libertad.
Episodio 11
Durante una visita al Ministerio, rediseñado para parecer una oficina más, un experto en fenómenos paranormales se salta una barrera y se cuela por una de las puertas.
Episodio 12
La boda entre Ortigosa y Natalia se complica por un portal oculto y una leyenda romántica del siglo XIII.
Episodio 13
Felipe II quiere una gran victoria de la Armada española en 1588. Su viaje en el tiempo ha ampliado sus miras y ahora solo piensa en el año 2016.
