Episodio 1
La ciudad se une para un último intento de localizar a la desaparecida nave Astraeus antes de que sea demasiado tarde.
Episodio 2
Beverly Barlowe necesita la ayuda de Carter para liberar a la tripulación del Astraeus. El plan de rescate llevará a Carter al mundo virtual.
Episodio 3
La tripulación del Astraeus trata de recuperarse de su experiencia, mientras Fargo también se enfrenta a la muerte de Holly.
Episodio 4
La tripulación trata de sobrellevar el calvario vivido, pero la visita de Warren no hace más que aumentar la presión de todos ellos.
Episodio 5
Douglas le ordena al equipo cerrar el sistema principal de Matrix. Entre tanto, Warren, que ha llegado para las evaluaciones, conoce a Jack y a Allison.
Episodio 6
Henry trata de reiniciar el reactor principal, pero éste no responde. Mientras, Jack es informado de que Eureka está siendo atacada por un desconocido.
Episodio 7
Fargo está convencido de que Holly aún se encuentra dentro del ordenador Matrix y trata de impedir que reformateen el disco duro provocando su desaparición.
Episodio 8
La sorpresa que Carter le ha preparado a Allison resulta letal cuando ambos se ven atrapados en un laboratorio marino en el que desaparece el oxígeno a gran velocidad.
Episodio 9
Tras consumir una droga inteligente, Carter comienza a reescribir las leyes de la física, lo que pone en peligro a sus amigos y a la ciudad entera.
Episodio 10
Jack lleva a Allison de luna de miel a una casa de campo muy cerca de Eureka. Entre tanto, los científicos siguen bio-imprimiendo el cuerpo de Holly.
Episodio 11
Carter trata de averiguar quién ha saboteado un experimento que aísla a Eureka del resto del mundo y amenaza con acabar con sus habitantes.
Episodio 12
La gente de Eureka está siendo secuestrada y remplazada por dobles. Allison, Fargo y Zane son los únicos que aún no han estado reemplazados e intentan buscar la manera de evitar ser capturados y salvar su pueblo.
Episodio 13
Los agujeros de gusano alrededor de Eureka demuestran que el Departamento de Defensa está dispuesto a hacer todo lo que esté en sus manos para intentar cerrar el centro de la ciudad.
