Episodio 1
El equipo conoce a un extraño robot alienígena llamado Fugitoid.
Episodio 2
Cuando el equipo se estrella en una luna de hielo junto con el enemigo, ellos deben hacer sus diferencias a un lado para lograr sobrevivir.
Episodio 3
Cuando Casey Jones descubre un hipercubo, accidentalmente desata a un ser de la cuarta dimensión llamado Wyrm.
Episodio 4
Cuando Lord Dregg contrata a un cazador de recompensas para destruir las tortugas, el equipo huye a una estación espacial abandonada.
Episodio 5
Las tortugas se encuentran en un planeta de maldad pura.
Episodio 6
Cuando microscópicos aliens invaden la mente de Mikey, las tortugas tienen que perseguirlos por el extraño mundo del subconsciente de su hermano.
Episodio 7
Las tortugas son capturadas y arrojados a la Arena Triceraton.
Episodio 8
Las tortugas deben ganarse la confianza del Consejo Utrom con el fin de encontrar la siguiente pieza del generador de agujeros negros.
Episodio 9
El viaje de las tortugas a través de una especie de oceáno-un area del espacio.
Episodio 10
Las tortugas son transportadas a otra dimensión donde se encuentran con sus contrapartes de 1980 y juntos trabajan para combatir a Krang.
Episodio 11
Donatello se siente inferior a Fugitoid, pero su inteligencia es puesta a prueba cuando los Triceratons atacan.
Episodio 12
Cuando Rafael pierde su habilidad de lucha, el debe superar sus sentimientos para salvar a sus hermanos de la perdición.
Episodio 13
El equipo debe superar obstáculos imposibles con el fin de obtener la última pieza del generador de agujeros negros.
Episodio 14
A medida que el equipo finalmente llega a la Tierra, Fugitoid les revela un terrible secreto sobre su pasado.
Episodio 15
Abril se enfrenta a una nueva enemiga cuando se gradúa como una kunoichi. Las Tortugas deben hacer frente a la nueva revolución del Clan del Pie y de algunos viejos enemigos.
Episodio 16
Cuando Leonardo se alia secretamente con Karai, él se encuentra en un peligro más profundo de lo que jamás podría haber imaginado.
Episodio 17
Rafael tiene que superar su miedo a los insectos para dirigir al equipo en su lucha contra Baxter mosca y sus nuevos secuaces insectos.
Episodio 18
Don Vizioso va tras las Tortugas con un montón de armas anti-mutantes.
Episodio 19
Miguel Ángel se hace amigo de algunos nuevos superheroes llamados Wingnut y Screwloose.
Episodio 20
Por primera vez las tortugas se encuentran con algo que ellos no pueden derrotar.
Episodio 21
El equipo de las Tortugas debe buscar a su Sensei, pero luego se dan cuenta de que ellos también están siendo perseguidos.
Episodio 22
Preocupado por Abril, Donatello decide ponerla a prueba. Sólo para descubrir que sus habilidades psíquicas están creciendo rápidamente en poder.
Episodio 23
El vínculo de Rafael con Chompy se corta por la invasión de Tokka, quien ha venido a la Tierra en búsqueda de su cría.
Episodio 24
Una peligrosa mutante de nombre Alopex aparece para llevar a cabo una venganza personal contra Garra de Tigre.
Episodio 25
Splinter debe liderar a las Tortugas y a los Poderosos Mutanimales para derrotar a su viejo enemigo.
Episodio 26
Las Tortugas se dan cuenta de que llegó el final, deben detener aDestructor y poner fin a este conflicto de una vez por todas.
