La Segunda temporada de Merlin comenzó el 19 de Septiembre de 2009 y finalizó el 19 de Diciembre de 2009 con un total de 13 episodios.
Episodio 1
El nuevo sirviente Cedric se impone como mano derecha de Arthur y pone al príncipe en contra de su amigo. Merlín está convencido de que el recién llegado trama algo.
Episodio 2
Arthur está decidido a ganar el torneo de lanzas de Camelot por su propio mérito, entonces va encubierto como un plebeyo. Un cazarrecompensas llega a Camelot.
Episodio 3
Cuando las pesadillas de Morgana se apoderan de las horas de vigilia, se aterroriza de tener magia. Sin embargo, Gaius la mantiene escondida por su propio bien.
Episodio 4
Confunden a Gwen con Morgana, y un salvaje bandido la secuestra. Uther se niega a pagar el rescate, entonces Arthur se dispone a pelear por la libertad de Gwen.
Episodio 5
Uther está cautivado por su última huésped, la Srta. Catrina. Arthur está impactado por su coqueteo, pero Merlín está atento y sospecha otros motivos.
Episodio 6
La nueva Reina Catrina se establece como la primera dama de Camelot. A medida que su verdadera naturaleza sale a la luz, Merlín debe encontrar la forma de exponerla.
Episodio 7
Uther está decidido a borrar la magia para siempre y llama a un temido cazador de brujas. Gaius trata de advertir a Merlín del peligro en que se encuentra.
Episodio 8
Un misterioso guerrero desafía a Arthur a duelo, y nadie podía predecir la cadena de eventos que se puso en marcha.
Episodio 9
Cuando Merlín descubre una hermosa mujer druida atrapada en la jaula de un cazarrecompensas, debe ayudarla a escapar. Se pone a prueba la intensa nueva amistad de Merlín.
Episodio 10
Los dignatarios de reinos rivales descienden en Camelot para proponer la paz, pero el Rey Alined hará lo imposible para desatar la hostilidad.
Episodio 11
Uther tiene una preciosa reliquia mágica guardada bajo llave en las bóvedas de Camelot que muchos han intentado reclamar y por eso han perdido sus vidas.
Episodio 12
Cuando los fuegos de Idirsholas arden por primera vez en 300 años, Gaius teme que un hechicero haya revivido a los letales Caballeros de Medhir.
Episodio 13
El último Dragonlord es la clave para el pasado de Merlín, así como el futuro de Camelot, pero ¿podrán Arthur y Merlín encontrarlo a tiempo para salvar el reino?
