La temporada 3 de Naruto Shippuden comenzó el 2 de abril de 2008 y contiene un total de 18 episodios.
Episodio 54
Naruto está soñando y observa como ráfagas de viento golpean a muchas personas y de un momento a otro se observa a un joven el cual tiene una mano vendada, para después pasar al zorro de Kyū...
Episodio 55
A Kakashi le dan de alta en el hospital y va a empezar el entrenamiento especial con Naruto, pero antes le da una explicación acerca del chakra. Cada ninja puede ser de cinco tipos de chakras básicos diferentes: ...
Episodio 56
Naruto sigue entrenando después de hacer el Taju Kage Bunshin no jutsu con el cual comienza a intentar romper una hoja. Mientras tanto un clon de Naruto sale a pedir consejo a otro usuario del Elemento viento, Asuma Sarutobi, ...
Episodio 57
El equipo Yamato se dirige hacia el punto donde habían quedado con los monjes del templo del Fuego. Yamato y Sakura se van a buscarlos mientras que Naruto desobedece dejando a Sai solo, por un problema que hubo entre ...
Episodio 58
El objetivo por el cual habían sido elegidos los de Konoha era por que Los doce Ninjas que protegían al señor feudal, actualmente cuatro de ellos muertos, quieren ser robados por motivos desconocidos por cuatro Ninjas. Má...
Episodio 59
El equipo Yamato se dirigen a un único lugar donde pueden salir los ladrondes de tumbas, cuando llegan, se encuentran las cuatro tumbas dirgiendose hacia una montaña, El equipo Yamato las sigue, con Naruto y Sora por delante, dejando ...
Episodio 60
Ya separado el equipo de Yamato se enfrentan cada uno, con los tres ladrones de las tumbas.Yamato se enfreta al primero y lo engaña, haciéndole creer que quedó vencido y escapa para buscar a los demás;...
Episodio 61
El joven monje Sora, del Templo del Fuego, ahora separado del Equipo Kakashi, baja a la última tumba, encontrándose con el líder de toda esta confusión, Furiido. En medio de la pelea, Furiido alaba las habilidades de ...
Episodio 62
Asuma Sensei le reporta a Tsunade los estragos que hubo en una aldea provocados según el por el país de la lluvia, y después, el joven monje Sora conoce a Tsunade (de una manera muy peculiar) y ...
Episodio 63
El Equipo Kakashi se encuentra reunido, mientras Yamato les explica que Sora tomará el lugar de Sai mientras éste se recupera, Naruto y Sora entrenan con Asuma, Asuma les dice que deberán enfocar el elemento viento en el objetivo, ...
Episodio 64
Los ANBU atrapan a Danzō que quería escapar de Konoha a través de la Aldea de la lluvia, Sora confronta a Asuma, éste admite que si mató al padre de Sora, y éste, enfadado se lanza a por é...
Episodio 65
Konoha queda completamente sin luz, la villa entera se pone en estado de emergencia. Asuma, enviado por Tsunade va en busca de Naruto y Sora, finalmente, los encuentra. Asuma se da cuenta que los 4 invasores planean aniquilar la villa entera ...
Episodio 66
Los ninjas de Konoha repelen a los muertos revividos del clan Kohaku. Los 4 guardianes, Seito, Tō'u, Nauma y Kitane, son revividos. Ellos planean usar su jutsu propio que consiste en lanzar un poderoso relámpago que destruirá Konoha. Asuma ...
Episodio 67
Sora se niega a dejar que la aldea sea destruida, a pesar de su rencor contra Asuma. Furiido lo golpea y afirma que su padre era igual de débil. Mientras tanto, Asuma pelea contra Kitane pero al final queda ...
Episodio 68
Naruto sigue luchando con Fūka, y descubre su punto débil, consiguiendo vencerla, mientras Sora esta con Furiido, y Asuma logra vencer a Kitane.
Episodio 69
Asuma descubre que Furiido era uno de los 12 guardianes ninjas y recuerda la pelea en la que le hizo esa cicatriz, descubre impresionado que Furiido era el padre de Sora. Naruto trata de calmar a sora y este empieza a ...
Episodio 70
Sora esta descontrolado, no entiende nada de lo que Naruto y los demás intentan decirle mientras pelean contra el. Mientras que Fūriido y Asuma siguen peleando, Chōji, Shikamaru, Kiba y Akamaru atacan a Sora, pero es imposible, ...
Episodio 71
Sora transformado golpea a Naruto, Sakura trata de ayudarlo pero Sora ataca a todos. Yamato logra protegerlos con su mokuton mientras Naruto protege a Sakura con su cuerpo, finalmente Naruto logra que Sora entre en razón, volviéndolo a ...
