Episodio 1
Un barril radiactivo se abre accidentalmente, liberando una espantosa bestia de alcantarilla que envuelve a sus víctimas en yogur helado.
Episodio 2
Scooby y la pandilla se ven obligados a pasar la noche en un pueblo fantasma cuando alguien roba el motor de la Máquina del Misterio.
Episodio 3
Un misterioso camionero fantasma está aterrorizando Cueva Cristal. Además, todos los pomos de las puertas de la ciudad están desapareciendo.
Episodio 4
Un horrible hombre cangrejo ataca la playa de Cueva Cristal atraído por las jugadoras del torneo de vóley-playa.
Episodio 5
Una terrible criatura está convirtiendo a los niños de Cueva Cristal en monstruos.
Episodio 6
Hay una chica nueva en el instituto de Cueva Cristal llamada Alice May que se ha fijado en Fred. Solo hay un problema: ¡Alice está muerta!
Episodio 7
El grupo favorito de Velma llega a la ciudad y la pandilla tiene asientos en primera fila. Por desgracia, también acude un espectro malvado llamado el Fantasma.
Episodio 8
La Feria Real de los Caballeros ha llegado a Cueva Cristal y toda la pandilla acude. Pero también lo hace un terrible gnomo que ataca a los asistentes.
Episodio 9
Un par de gigantescas gargantúas están destrozando la ciudad, y esto afecta a las relaciones de Misterios, S. A.
Episodio 10
Una horrible bestia mecanizada ataca la ciudad y todo parece apuntar a Scooby.
Episodio 11
Hay un vampiro suelto en la ciudad aterrorizando a los residentes y robando objetos extraños.
Episodio 12
Misterios, S. A. se ha disuelto y la pandilla decide pasar un fin de semana en la Universidad Darrow.
Episodio 13
Las cigarras se apoderan de Cueva Cristal y atacan a sus ciudadanos más destacados.
Episodio 14
La pandilla Misterios, S. A. recibe una invitación para competir en la convención anual de Misterios por Resolver.
Episodio 15
Una ruidosa pandilla de orcos moteros decide pasar por Cueva Cristal y a nadie le hace mucha gracia.
Episodio 16
El amor ha llegado a Cueva Cristal en forma de una mujer malvada llamada Afrodita.
Episodio 17
La pandilla investiga la desaparición de la pandilla original Misterios, S. A.
Episodio 18
Cuando una estudiante de intercambio llamada Mai Lee llega a la ciudad para quedarse con Velma, unos extraños magos del kung fu atacan la ciudad para atraparla.
Episodio 19
Scooby y Shaggy ganan una cena con su héroe, Vincent Van Ghoul.
Episodio 20
Velma se siente innecesaria. Fred tiene a Daphne y Shaggy tiene a Scooby. ¿A quién tiene ella?
Episodio 21
El alcalde compra un templo embrujado por internet para el parque de atracciones La Tierra del Terror, pero todo se complica cuando una mantícora acosa el parque.
Episodio 22
El aventurero favorito de Fred, Rick Spartan, llega a la ciudad para hacerse cargo de la clase de biología de la escuela.
Episodio 23
El alcalde Jones sufre fenómenos extraños en su propia casa y los únicos que pueden ayudarlo son la pandilla de Scooby.
Episodio 24
Hay un nuevo agente de la ley en la ciudad llamado Justicia Muerta, un sheriff zombi que solía patrullar las calles de Cueva Cristal.
Episodio 25
La pandilla de Scooby está a punto de desentrañar por fin lo que ocurrió con los integrantes originales de Misterios, S.A.
Episodio 26
El misterio llega a su fin. La pandilla de Scooby finalmente llega al fondo de lo que sucedió con los originales Misterios, S. A. y por qué desaparecieron.
