La tercera temporada de Star Trek: Voyager comenzó el 4 de Septiembre de 1996 y finalizó el 21 de Mayo de 1997 con un total de 26 episodios.
Episodio 1
Tom Paris pide ayuda a los talaxianos para recuperar la Voyager. Mientras tanto, el Doctor es descubierto y desactivado, siendo la última esperanza de salvación.
Episodio 2
Tuvok funde su mente con Janeway y retrocede 80 años en el tiempo cuando tuvo su primera misión a bordo del USS Excelsior bajo el mando del capitán Hikaru Sulu porque tiene unos recuerdos procedentes de esa época.
Episodio 3
Tom Paris y Harry Kim son atrapados en una a prisión acusados de un delito de terrorismo que no han cometido. La única forma de salir de la prisión es a través de una rampa.
Episodio 4
El Doctor está teniendo problemas de Alzheimer que pueden conducir a su desactivación. La única solución posible parece una reinstalación del programa, pero esto borraría toda la personalidad adquirida por el Doctor con el paso del ...
Episodio 5
La Voyager localiza un agujero de gusano que comunica con el Cuadrante Alfa, y también se encuentra con dos ferengis que están aprovechando la ocasión para sacar ganancias, convenciendo a una civilización primitiva de que son ...
Episodio 6
B'Elanna está teniendo unos recuerdos que le han sido implantados por una raza telépata, los Enaranos. Pronto descubrirá un horrible secreto tras analizar esos recuerdos.
Episodio 7
Kes entra en coma por culpa de un campo de fuerza de un templo alienígena. La única forma de salvarlo será superar una serie de pruebas por parte de la capitana Janeway.
Episodio 8
La Voyager es atacada por una nave de la Federación que proviene del siglo XXIX y descubren que en el futuro van a ser responsables de la destrucción del Sistema Solar. De repente, la Voyager es absorbida por ...
Episodio 9
Henry Starling quiere utilizar una nave con la capacidad de viajar en el tiempo para poder robar tecnología del siglo XXIX. Janeway está dispuesta incluso a destruir la Voyager, y quedar atrapados en el 1996, con tal de evitar el ...
Episodio 10
El cuerpo de Kes es abducido por un alienígena llamado Tieran que comienza una campaña criminal con la única finalidad de recuperar el liderazgo de su raza.
Episodio 11
Q aparece en la Voyager con la intención de que Janeway conciba a su hijo. Janeway es transportada al continuum Q, donde comprueba que se encuentran en plena guerra civil.
Episodio 12
Janeway y Neelix regresan de una misión y se encuentran la Voyager desierta. Pronto son atacados por unas forma de vidas agresivas y mortales.
Episodio 13
Neelix contacta con un viejo amigo, Wixiban. Pronto se tendrá que debatir entre ayudar a su amigo o ser leal a la tripulación de la Voyager.
Episodio 14
Harry Kim se siente atraído por un personaje holográfico llamado Marayna y le pide consejo a Tuvok, que al final también acaba sintiéndose atraído por ella. Ante esta situación, Kim le pide que borre ...
Episodio 15
Kathryn Janeway y Chakotay se encuentran atrapados en una especie de bucle temporal con diferentes acontecimientos, pero todo terminó con la muerte de Janeway, entre ellos, en el que son asesinados por una nave Vidiiana. Al darse cuenta de la ...
Episodio 16
Un joven oficial vulcaniano que sufre el Pon Farr, Vorik, obliga a B'Elanna Torres a tener una fusión mental. B'Elanna pronto descubre que ella también sufre lo que los Klingon denominan fiebre en la sangre, que es una ...
Episodio 17
Chakotay es rescatado por un grupo de humanoides que antes fueron drones Borg. Los drones unirán sus mentes con la del colectivo Borg para completar el rescate de Chakotay, pero esto implica el riesgo de que los Borg puedan ...
Episodio 18
El Doctor está experimentando con unas subrutinas que pueden darle la personalidad de famosos personajes históricos. Sin embargo, el experimento parece no funcionar muy bien y pronto se vuelve posesivo y violento.
Episodio 19
Neelix y Tuvok contactan con un científico que tiene la información necesaria para salvar a su propio planeta. Durante un viaje en un elevador con el científico y otros dos pasajeros, se producirá un situación inesperada ...
Episodio 20
Harry Kim is empieza a mostrar rasgos faciales que le asemejan a una extraña raza. Al visitarla para comprobar que es lo que está ocurriendo, es recibido como un hijo perdido y empieza a experimentar sensaciones de que lo ...
Episodio 21
Por culpa de una extraña radiación, Kes comienza a viajar en el tiempo hacia el pasado a partir de su muerte en el futuro. El Doctor tendrá que encontrar la forma de eliminar la radiación antes de ...
Episodio 22
El Doctor se crea una familia holográfica para profundizar en el conocimiento de las relaciones humanas. En un principio la familia es demasiado perfecta, lo que hace que B'Elanna introduzca unas variaciones que pondrán en jaque al Doctor.
Episodio 23
Un científico perteneciente a la raza Sauriana quiere demostrar que su raza proviene de los dinosaurios evolucionados de la Tierra y la Voyager y su tripulación pueden ser la prueba que necesita para confirmar su teoría.
Episodio 24
Janeway descubre que su tripulación está siendo reemplazada por Nyrianos a un ritmo de un tripulante cada diez minutos aproximadamente. Pronto ella misma será reemplazada y ubicada en un extraño lugar.
Episodio 25
Tuvok está haciendo unas prácticas en la holocubierta simulando un motín de los Maquis contra la tripulación, sin embargo la interferencia de la traidora Seska convertirá la situación en un escenario real y peligroso.
Episodio 26
La Voyager está atravesando el espacio Borg de camino a casa y encuentra unos cubos Borg que han sido destruidos. Pronto descubrirán que el causante de ese destrozo es un enemigo incluso más peligroso que los propios Borg.
