La primera temporada de Stargate Atlantis comenzó el 16 de julio de 2004 y finalizó el 31 de enero de 2005 con un total de 20 episodios.
Episodio 1
Meses después de renunciar al cargo de líder del Comando Stargate, la Dra. Elizabeth Weir ha estado trabajando en el puesto de avanzada en la Antártica, reuniendo miembros para una expedición que se embarca a la ...
Episodio 2
Después de que el Mayor John Sheppard regresa con los refugiados del ataque, la ciudad esta a punto de ser aplastada por el agua. Cuando toda esperanza parece perdida, Atlantis se suelta del fondo del océano, elevándose ...
Episodio 3
El Dr. Beckett ha desarrollado una terapia genética experimental para darle el gen de los Antiguos a aquellos que nacieron sin él. La primera persona en someterse a la terapia es el Dr. McKay, quien prueba el gen con ...
Episodio 4
El Puddle Jumper del equipo del Mayor Sheppard queda atascado en la Stargate, sin posibilidad de pasar, mientras que un desagradable insecto está adherido al cuello del Mayor Sheppard, drenando su vida como un Wraith. El equipo solo tiene 38 minutos ...
Episodio 5
Después de que el equipo del Mayor Sheppard es atacado una vez más por los Wraiths, Weir y el Sargento Bates comienzan a sospechar que uno de los Athosianos pueda ser un espía, pero cuando ordenan una ...
Episodio 6
El equipo visita un planeta donde nadie tiene más de 24 años, debido a rituales suicidas que ellos creen mantienen a los Wraiths alejados. En realidad, los Wraiths no pueden atacar debido a un campo electro-magnético que deja ...
Episodio 7
El Mayor Sheppard ofrece de voluntario al Dr. Beckett para ayudar a los Hoffanos, quienes están desarrollando una vacuna en contra de los Wraiths. Pero los Hoffanos están dispuestos a ir a cualquier extremo para eliminar a su ...
Episodio 8
Sheppard y su equipo visitan el planeta de los Genii para comerciar con ellos, así la ciudad no tiene que recurrir al racionamiento. De acuerdo con Teyla, su pueblo ha comerciado con ellos en el pasado y cree que son ...
Episodio 9
El equipo encuentra un planeta con una atmósfera llena de energía que les permitirá marcar a la Tierra. Sorprendentemente, el S.G.C. les da la bienvenida, diciéndoles que podrán regresar gracias al nuevo hiperpropulsor del ...
Episodio 10
Una gigantesca tormenta que tiene lugar cada 20 o 30 años, se dirige a Atlantis y devastará la ciudad a menos que McKay y Zelenka encuentren la manera de activar el escudo. Pero no es coincidencia que los Genii invadan la ...
Episodio 11
Sheppard combate contra los Genii quienes tienen a Dr. Weir y a Dr. McKay como rehenes. Mientras tanto, la mayor parte de la tormenta se aproxima a la ciudad y podría aplastarla en su frágil estado. Convenciendo a ...
Episodio 12
Cuando Sheppard, McKay, y dos científicos investigan un satélite defensivo de los Antiguos, descubren una llamada de auxilio proveniente de una nave Wraith. Al investigar, encuentran un Wraith con 10,000 años que no morirá fácilmente gracias a ...
Episodio 13
Mientras examinan el daño causado a la ciudad por la tormenta, McKay, Ford, Zelenka y un grupo de científicos son infectados por un virus que los está matando uno por uno. Pero cuando un científico empieza a ...
Episodio 14
Cuando la nave Wraith que los persigue es destruida por una misteriosa arma energética. El equipo del Mayor Sheppard se dirige al planeta a investigar. En él encuentran una civilización pacífica y libre de Wraiths en la ...
Episodio 15
Mientras exploran la ciudad, Sheppard, Ford y Teyla encuentran en éxtasis a una mujer muy anciana, quien creen que es una de los Antiguos. Ella dice ser la Dr. Weir, y el examen de ADN lo confirma. Una vez estable, ...
Episodio 16
Mientras tratan de localizar un MPC, el equipo descubre como La Hermandad lo ha escondido de los Wraiths a petición de los Antiguos. Mientras tratan de descubrir donde está, el equipo se encuentra con Kolya. Pero Atlantis tiene sus ...
Episodio 17
McKay encuentra una manera de abrir el Stargate a la Tierra por 1.3 segundos, que los permitirá mandar un mensaje de alta compresión (más tarde mcKay logra mejorar la compresión de datos aumentando el tiempo a 2.6 segundos) al ...
Episodio 18
Teyla empieza a tener sueños relacionados con los Wraiths, pero más que nada uno en el que ella se convierte en uno. Mientras trata de averiguar más sobre su pasado, se encuentra con un laboratorio de los ...
Episodio 19
El Dr. McKay, el Dr. Grodin, y el Teniente Miller van al satélite defensivo a tratar de repararlo y usarlo para destruir las naves de los Wraiths que se aproximan a Atlantis. Mientras tanto, el personal se prepara para ...
Episodio 20
El S.G.C. ha encontrado un MPC, y como resultado del mensaje enviado, refuerzos llegan a la ciudad para ayudar contra los Wraiths. El recién llegado Coronel Everet dice que el MPC está en camino gracias a la ...
