La segunda temporada de Stargate Atlantis comenzó el 15 de julio de 2005 y finalizó el 30 de enero de 2006 con un total de 20 episodios.
Episodio 1
La oportuna llegada del Daedalus, liderado por el Coronel Caldwell, salva la vida del Mayor Sheppard, pero quizás no sea suficiente para derrotar a las naves Wraith. Afortunadamente gracias al MPC, McKay quizás pueda realizar otro milagro.
Episodio 2
Sheppard, Weir, McKay y Beckett regresan de su viaje a la Tierra en el Daedalus pero la nave empieza a sufrir dificultades técnicas. Después de 2 muertes por malfuncionamientos, se descubre que la nave ha sido infectada por un ...
Episodio 3
Mientras investigan un nuevo planeta, uno de los equipos encuentra una pista del paradero del Teniente Ford. Durante la búsqueda, el recién ascendido Teniente Coronel Sheppard y Teyla son capturados por Ronon Dex, un corredor, un hombre al ...
Episodio 4
McKay y la Teniente Laura Cadman son capturados por un Dardo Wraith, pero es derribado para impedir que los Wraiths descubran Atlantis. Cuando Zelenka finalmente logra transportarlos fuera del aparato, solo consigue sacar a McKay, con la mente de Cadman ...
Episodio 5
El equipo del Coronel Sheppard encuentra a una civilización tecnológicamente avanzada que deja a sus criminales en la isla donde el Stargate esta para que los Wraiths se alimenten de ellos y dejen a los demás en ...
Episodio 6
Después de encontrar un generador de energía experimental de los Antiguos muy inestable y peligroso que mato a los mismos, McKay se obsesiona con triunfar donde los Antiguos fallaron, pero el precio puede ser demasiado alto. Mientras, Teyla ...
Episodio 7
Mientras investigan un planeta, el equipo se cruza con una joven Wraith quien vive con un humano al que llama padre. Ella dice que no se alimenta de humanos, gracias a una droga que le quita la necesidad de hacerlo. ...
Episodio 8
Después de ser infectado con el retro-virus por Ellia, el equipo corre contra reloj para encontrar la forma de revertir la transformación de Sheppard en un híbrido entre humano e insecto Iratus. Pero incluso con Sheppard hacié...
Episodio 9
El equipo encuentra una nave de batalla de los Antiguos todavía habitada por estos en animación suspendida, pero conectados a través de ambiente virtual. Sheppard entra para obtener la información sobre como vencer a los Wraiths, ...
Episodio 10
El equipo es emboscado por Ford y sus nuevos amigos y llevados a su base en otro planeta donde descubren que todo el grupo usa la enzima de los Wraiths. Ford fuerza al equipo, con excepción de Sheppard, a ...
Episodio 11
Sheppard, Ronon, Teyla y Ford son capturados abordo de la Colmena durante su intento de destruirla, la Reina lleva a Sheppard para interrogarlo. Preocupado por sus compañeros, McKay se inyecta una gran dosis de la enzima para escapar, regresar ...
Episodio 12
Mientras investigan un aparato de los Antiguos, Sheppard queda atrapado dentro, separado del resto del equipo. Mientras tratan de sacarlo, el equipo descubre que el tiempo pasa mucho más rápido dentro y que Sheppard podría morir de ...
Episodio 13
El N.I.D., ha descubierto que El Trust se ha infiltrado en Atlantis y ha plantado una bomba, la cual explotara la próxima vez que marquen a la Tierra. Para agregar más tensión, dos Cruceros Wraiths ...
Episodio 14
Durante la prueba del Jumper derribado en el episodio 2x05 recientemente reparado, este se estrella en el océano, dejando al Dr. McKay atrapado bajo el agua. Empezando a mostrar las primeras señales de estar perdiendo la esperanza y ...
Episodio 15
En un planeta con una ciudad como Atlantis el equipo descubre el Lord Protector aleja a los Wraiths con una gran dotación de Drones, pero que trata a su pueblo con poca dignidad. Cuando el muere repentinamente, el Coronel ...
Episodio 16
El equipo de Sheppard encuentra dos cápsulas de estasis flotando en el espacio y regresan a la ciudad con ellas. Al abrirlas, las mentes de las personas en ellas son transferidas a los cuerpos de Weir y Sheppard. Pero ...
Episodio 17
Después de la supuesta muerte del equipo del Mayor Lorne, Ladon Radim llega a la ciudad buscando derrocar al líder de los Genii. A pesar de las sospechas aceptan ayudar, ya que parece haber encontrado un MPC que ...
Episodio 18
El Teniente Michael Kenmore despierta en Atlantis sin tener idea de quien es, sin embargo tiene algunos recuerdos acerca de los Wraiths. Pero cuando la gente comienza a tratarlo de manera extraña, empieza a sospechar que podría ser ...
Episodio 19
El equipo va a un puesto de avanzada de los Antiguos habitado por miles de personas, pero pronto un supervolcán es descubierto debajo de ellos. Mientras tratan de escapar, el Stargate es tragado por la lava, con ninguna forma ...
Episodio 20
Atlantis une fuerzas con una facción de los Wraiths que buscan ayuda para destruir a su enemigo común, los Wraiths. Debido a que los Wraiths están enfrentados en una guerra civil, ellos sugieren usar el retro-virus para ...
