La cuarta temporada de Stargate Atlantis comenzó el 28 de septiembre de 2007 y finalizó el 7 de marzo de 2008 con un total de 20 episodios.
Episodio 1
Sin comunicación y con el sistema eléctrico dañado por el rayo, la ciudad encoge el escudo para proteger solo la torre principal en un esfuerzo por ahorrar energía, pero cuando atraviesan un cinturón de asteroides ...
Episodio 2
El equipo del Coronel Sheppard y la Doctora Dr. Weir deben planear una atrevida infiltración en el mundo Asuran, para robar un MPC de los Replicantes, restablecer la energía de Atlantis, y encabezar su nuevo hogar. Mientras, la ...
Episodio 3
Cuando el equipo se tropieza con los antiguos compañeros de Ronon, ellos les cuentan la historia de como sobrevivieron a aquel fatídico día en el que Sateda cayo. Sheppard se niega a llevarlos a Atlantis, lo que ...
Episodio 4
El equipo de Sheppard llega a un planeta donde encuentran por la terquedad de rodney una especie de cristal similar al que Jack O'Neill encontró hace 10 años, Sheppard los despierta al tocarlos, y emanan una especie de rayo. Al ...
Episodio 5
El Coronel Sheppard es capturado por una raza de humanos que ha estado viviendo por generaciones en el espacio para evitar cualquier tipo de contacto con los Wraiths. Estań al corriente de los rumores sobre un nuevo y poderoso enemigo ...
Episodio 6
Muchos tipos de plantas fueron extraídos de la tierra del nuevo planeta donde está situado Atlantis, están siendo estudiados por los miembros del equipo de botánica cuando empiezan a presentar un grave dolor de cabeza, seguido por ...
Episodio 7
Teyla y la Dra. Keller se disponen a visitar el nuevo asentamiento de los athosianos, pero cuando llegan allí advierten que han desaparecido. Tendrán problemas con una tribu de guerreros que ahora ocupan la zona.
Episodio 8
Mientras buscan a los Athosianos, el equipo se encuentra con Davos, un hombre que puede ver el futuro.Y gracias a él evitan una seudo emboscada por el espectro de 3x07, Todd, que quería comunicarse con Sheppard para discutir ...
Episodio 9
Un jefe de una corporación médica secuestra a la hermana de Rodney, la Sra. Miller. Al enterarse, Mckay regresa a la tierra para buscarla, pero es secuestrado también. Ambos se verán implicados en un problema con ...
Episodio 10
Después de que un dron antiguo misterioso choque en Atlantis, el equipo debe saber si los replicantes pudieron haber encontrado la ciudad... y si la predicción de Davos sobre la destrucción de la ciudad perdida será verdad. ...
Episodio 11
El equipo espera eliminar a los replicantes de una vez por todas, reclutando una flota de Naves Colmena para luchar junto al Dedalo y al Apollo. Desafortunadamente, no muchas naves se unen a la causa, y la expedición podrí...
Episodio 12
El equipo de Atlantis localiza una nave Colmena parcialmente dañada que participó en la anterior batalla contra los Replicantes, en el proceso, descubren información crítica que podría ayudar en su nunca finalizada lucha contra los Wraith.
Episodio 13
Un cierre impuesto de Atlantis atrapa a bastante personal por toda la ciudad con gente que nunca hubieran esperado estar, amenazando con romper varias relaciones que se extienden a través de toda la expedición... y permitiendo a otras ...
Episodio 14
En un planeta familiar, Sheppard y McKay aceptan escoltar a una princesa, Armonía, a un templo donde ella pueda asumir el título de reina. En su simple y rutinaria mision, encuentran que un contingente Genii intenta atrapar a ...
Episodio 15
Sheppard debe volver a la Tierra porque su padre ha fallecido. Durante el funeral es contactado por una persona quien expone un problema: un experimento ilegal se ha salido de control y ahora hay replicantes en la Tierra.
Episodio 16
La coronel Carter, el doctor McKay y la doctora Keller viajan a un mundo en misión diplomática. El planeta había sido una antigua mina Genii y los tres expedicionarios de Atlantis se encuentran atrapados en el abandonado ...
Episodio 17
Teal'c visita Atlantis para ayudar a Ronon a dominar su mal genio, preparándolo para una entrevista en la Tierra. Mientras, los espectros logran interceptar las comunicaciones en el túnel de stargates que comunican Atlantis con la Tierra y ...
Episodio 18
Un enemigo ha regresado difundiendo por la galaxia un virus basado en la vacuna de los Hoffanos, eliminando humanos y espectros, y es el responsable de secuestrar a los Athosianos. Teyla recibe mensajes telepáticos de ayuda y es secuestrada ...
Episodio 19
El equipo de Atlantis falla en su rescate pero encuentran al clon de un viejo amigo: el doctor Carson Beckett. Este desconoce que su estado actual en Atlantis es de muerto (murió en el episodio Domingo, 3x17) y debe reintegrarse ...
Episodio 20
Sheppard regresa a Atlantis pero el cruce del agujero con una llamarada solar, lo lleva unos 48000 años en el futuro. Allí lo espera el holograma de un anciano Rodney McKay, quien le dice que lo va a ayudar a ...
