La quinta temporada de Stargate Atlantis comenzó el 11 de julio de 2008 y finalizó el 9 de enero de 2009 con un total de 20 episodios.
Episodio 1
La Coronel Carter organiza una operación para rescatar al equipo del Coronel Sheppard, quienes se hayan bajo los escombros de un edificio en otro planeta. Sin embargo, el ejército de Michael pronto arriba, por lo que deberán ...
Episodio 2
Mientras Richard Woolsey asume el liderazgo de Atlantis, el clon del Dr. Beckett es descongelado para administrarle una posible cura de parte de la Dra. Keller, quien no obstante, se verá pronto envuelta a una situación de riesgo para ...
Episodio 3
Ronon es secuestrado por Tyre, su ex-amigo convertido en "adorador de Espectros", quién busca volver a ganarse el favor de estos, y espera que Ronon también se les una. Pero los espectros no lo aceptan y logran convertir ...
Episodio 4
Después de que misteriosamente el Dedalo aparezca orbitando sobre Atlantis, abandonado, el equipo del Coronel Sheppard aborda la nave. Luego de confirmar que no es él Dedalo que conocen, la nave comienza a saltar por diferentes universos. El equipo ...
Episodio 5
Una inexplicable falla en un SaltaCharcos, parece luego extenderse a la misma Atlantis. La expedición pronto descubre que esto puede tener que ver con la Doctora Weir y un grupo de Replicadores, que han estado intentando "ascender", pero que ...
Episodio 6
Rodney McKay sufre en una enfermedad conocida en la galaxia Pegaso como la "segunda niñez", que anula lentamente su capacidad cerebral, llevándolo incluso a la muerte.
Episodio 7
Un equipo de Atlantis que investiga una misteriosa desaparición halla uno de los laboratorios de Michael, descubriendo humanoides híbridos con extrañas habilidades, y tan peligrosos que ni siquiera Michael mismo pudo controlar. Sheppard y el Dr. Beckett ...
Episodio 8
El equipo Atlantis se reúne con el Espectro Todd para ofrecerle un tratamiento que permitirá a los Espectros vivir sin la necesidad de alimentarse de seres humanos. Sin embargo, para distribuir el retrovirus, Teyla deberá hacerse pasar por la ...
Episodio 9
Durante una misión médica la Dra. Keller es secuestrada por un "Corredor". El Dr. McKay y Ronon Dex partirán en su búsqueda, pero en el camino deberán enfrentarse a los Espectros que persiguen a dicho ...
Episodio 10
El Dr. Daniel Jackson visita Atlantis, para encontrar el laboratorio secreto del Lantiano Janus con ayuda del Dr. McKay. Mientras tanto Woolsey aborda el Dédalo para reunirse con Todd y realizar el primer experimento que permitirá a los Espectros ...
Episodio 11
Daniel Jackson descubre la identidad de los alienígenas que los capturaron, en tanto Todd secuestra al Dédalo para localizar y destruir el dispositivo que fue recientemente activado. Sheppard pedirá ayuda a los "Viajeros" para alcanzar a la nave, ...
Episodio 12
Sheppard y su equipo se encuentran con un hombre y una mujer llamados Sefaris y Novo, dos supervivientes de un grupo de habitantes del planeta Balara que no murieron durante la plaga Hoffan y ahora viven con el pueblo al ...
Episodio 13
La expedicón de Atlantis se encuentra con un problema cuando un grupo de civilizaciones humanas que han formado la llamada 'Coalición' les acusa de crímenes contra la galaxia Pegaso.
Episodio 14
Michael y sus híbridos se infiltran en Atlantis buscando al hijo de Teyla. Mientras los híbridos toman el control de los sistemas de la ciudad uno por uno, los equipos de Sheppard y Lorne intentar retomar la ciudad, ...
Episodio 15
John Sheppard ha sido secuestrado. Después de liberarse por sus propios medios, descubre quién es su secuestrador: Acastus Kolya (Robert Davi). En Atlantis, Woolsey, McKay, y el resto del equipo están a punto de hacer un sorprendente ...
Episodio 16
Rodney McKay es invitado a la presentación de una gran innovación científica por un antiguo rival de sus días escolares. Parece ser un dispositivo de control de clima, pero luego todo acaba saliendo mal.
Episodio 17
El equipo investiga algunas cosas misteriosas que pasan en una nave colmena. Mientras tanto, la Dra. Keller investiga la fisiología de los espectros. Basándose en fotos de producción, Christopher Heyerdahl aparecerá como el espectro Todd.
Episodio 18
A la Dra. Jennifer Keller se le diagnostica una enfermedad psicológica. Sin embargo, parece ser que puede haber estado expuesta a algún tipo de tecnología de intercambio de cuerpos que no requiere que los sujetos estén ...
Episodio 19
En un universo paralelo, donde John Sheppard no es parte del SGA, por haber sido degradado del ejército, el ahora detective John Sheppard y el agente Richard Woolsey se encuentran en medio de un asesinato estilo CSI que involucran ...
Episodio 20
Todd contacta a Atlantis en busca de ayuda, uno de sus subordinados ha tomado el control de una nave colmena potenciada por MPCs. El Dédalo es enviado a destruirla pero es rápidamente incapacitado, cuando todo parece perdido, la ...
