La tercera temporada de Stargate Atlantis comenzó el 14 de julio de 2006 y finalizó el 5 de febrero de 2007 con un total de 20 episodios.
Episodio 1
Después de que los Wraiths traicionaron a la expedición, comienzan su viaje a la Tierra con McKay y Ronon a quienes tienen capturados. Mientras tanto, Elizabeth deberá responder a la IOA por sus acciones durante la alianza con ...
Episodio 2
El equipo tuvo éxito en usar el retro-virus para convertir a toda la tripulación de la Colmena en humanos, y los llevan a un planeta sin Stargate convenciéndolos que están enfermos, pero los Wraiths comienzan a sospechar ...
Episodio 3
Mientras buscan Stargates para el Puente intergaláctico, el equipo encuentra una villa donde adoran a un hombre, aunque es empalagoso y mujeriego, al punto de la demencia. El dice tener medicinas que ofrecer, pero cuando Beckett investiga, lleva al ...
Episodio 4
Ronon es capturado en otro planeta, donde por su llegada ahí cuando era corredor les llevó a los Wraith, y sus captores lo entregan a los Wraiths quienes los regresan a su planeta natal. Una vez ahí, es cazado por ...
Episodio 5
Weir y el equipo visitan una avanzada civilización que se separó de los Antiguos de Atlantis hace miles de años, y son asombrados por su vasta cantidad de tecnología sin ningún problema relacionado con los Wraiths. ...
Episodio 6
La Dr. Weir despierta en una clínica psiquiátrica a las afueras de Washington D.C. solo para descubrir que Atlantis es solo una fantasía. Pero luego de una serie de pesadillas, no le toma mucho darse cuenta ...
Episodio 7
El Col. Sheppard es capturado por su antiguo némesis, Kolya, quien planea intercambiar a Sheppard por Ladon Radim, líder de los Genii. Para ayudar a persuadir a la Dra. Weir, Kolya usa a un Wraith capturado para que ...
Episodio 8
En algún lugar de la Tierra, una joven ama de casa ha escrito una teoría que podría traer grandes beneficios para Atlantis. Esta mujer es la hermana de Rodney McKay quien dejo la carrera de científica ...
Episodio 9
Mientras buscan a un equipo desaparecido, Sheppard y compañía encuentran un aparato de alucinaciones de los Wraiths, después de unas horas de examinarlo, McKay determina que el aparato es muy peligroso. Cuando tratan de irse, el DHD explota, ...
Episodio 10
Durante la primera prueba del Puente intergaláctico, el equipo descubre una nave de batalla de los Antiguos en el extremo de la galaxia y regresan a los Antiguos a Atlantis, solo para descubrir que quieren que la expedición ...
Episodio 11
El General Jack O'Neill y Richard Woolsey son capturados por los Asurans durante el ataque a la ciudad, por lo que Sheppard, Weir, Beckett, y McKay desobedecen órdenes y regresan a la Galaxia Pegaso reclutando a Teyla y a Ronon ...
Episodio 12
Comenzando con Teyla, todos empiezan a ver fantasmas de los Antiguos, provocadas por los ecos emitidos por las ballenas que rodean la ciudad, aunque al principio pensaron que eran los fantasmas que advertían sobre las ballenas, que llegaron en ...
Episodio 13
Lucius Lavin, esta con sus viejos trucos de nuevo. Usando un escudo personal de los Antiguos se hace pasar por un héroe, pero necesitara la ayuda del equipo cuando Acastus Kolya aparece para encargarse de él personalmente, hasta que ...
Episodio 14
McKay adquiere poderosas habilidades mentales a través de un aparato de la ciudad. Nada parece andar mal, y después de descubrir varias nuevas habilidades, él lo toma como una bendición. Pero cuando su cerebro comienza a evolucionar ...
Episodio 15
El equipo del Maj. Lorne descubre un planeta que aunque tienen satélites avanzados, son de solo de la edad media y, más curioso aun, tienen una bandera con la cara de Rodney Mckay. Es por eso que descubren ...
Episodio 16
El equipo del Coronel Sheppard descubre una estación especial donde los últimos de una raza de humanos permanece en estasis. Pronto descubren, que toda la población está en peligro cuando la estación es dañada después ...
Episodio 17
En las veinticuatro horas del día libre de la expedición, una explosión mata a tres personas y deja a muchas más heridas. Después de un análisis, McKay descubre que un aparato de los antiguos ...
Episodio 18
Cuando descubren una plataforma de perforación de los Antiguos en el fondo del océano dando la posibilidad de una alternativa a los MPCs, el equipo comienza la búsqueda de la plataforma. Durante su visita, son emboscados por ...
Episodio 19
Ahora que los Wraiths lo ven como una cosa extraña, Michael ha estado experimentando con insectos Iratus, creando monstruos para protegerse y crear un ejército para dominar la galaxia. Cuando el equipo encuentra uno de sus laboratorios son ...
Episodio 20
Cuando el Apollo llega desde la Tierra, lanza un preventivo ataque contra los Asurans cuando se descubre que están construyendo una flota de naves. Cuando la armada es destruida, un arma satélite aparece sobre la ciudad, y al ...
