La segunda temporada de Stargate Universe comenzó el 28 de septiembre de 2010 y finalizó el 9 de mayo de 2011 con un total de 20 episodios.
Episodio 1
El Coronel Young y el resto de la tripulación continúan su lucha por retomar el control de la Destiny a la Alianza Lucian. Tras la muerte de su comandante, los captores obligan a los prisioneros a descender a ...
Episodio 2
Desesperado por la situación crítica de la comida y la bebida en la nave, Rush dirige la nave a un planeta inestable que se ha quedado fuera de los controles de la Destiny y que tiene el Stargate ...
Episodio 3
La tripulación encuentra una nave implantadora de stargates notablemente similar a la Destiny que puede tener la llave para volver a casa. Cuando Young envía un equipo a explorarla descubren que no son los únicos que están ...
Episodio 4
El extraño comportamiento de Chloe hace pensar a la tripulación que podía estar siendo controlada por los alienígenas que la habían secuestrado tiempo atrás. Rush finge estar tratándola para poder obtener información ...
Episodio 5
El teniente Scott es infectado por un organismo vegetal cuando se encuentra explorando un planeta, y sufre alucinaciones graves de otra vida en la Tierra de vuelta a casa.
Episodio 6
El coronel Young tiene un sueño recurrente de la Destiny siendo atacada y destruida, lo que le hace pensar que está perdiendo el juicio, descuidando el liderazgo de la nave.
Episodio 7
Rush y Young quedan atrapados en una nave abandonada, mientras la Destiny permanece varada en el espacio. Rush se niega a desvelar su secreto.
Episodio 8
Simeon, de la Alianza Lucian, se escapa de la Destiny, enviando a Nicholas Rush en una vengativa misión. Young y Greer intentan recuperar a Simeon ileso, puesto que tiene información de un inminente ataque a la Tierra por ...
Episodio 9
Los miembros de la tripulación que se quedaron en otra galaxia hacen su regreso a la Destiny de forma sorprendente. Sus extrañas pérdidas de memoria hacen dudar de ellos a la tripulación de la Destiny.
Episodio 10
El poseer al fin la tripulación control sobre el sistema de navegación de la Destiny introduce nuevos riesgos cuando se encuentran en medio de una guerra entre dos razas. Cuando el motor FTL de la Destiny queda averiado, ...
Episodio 11
La Destiny es encerrada en una batalla, después de ser aparentemente traicionados por los Ursini. Chloe se hace con un control de comunicación de la nave y provoca la llegada de los extraterrestres de la galaxia anterior, que ...
Episodio 12
Eli ha encontrado una forma de volver a casa, pero Rush cree que su plan puede salir catastróficamente mal. Después de que expertos en La Tierra aprueben el plan de Eli, Rush anuncia su intención de quedarse ...
Episodio 13
Mientras una senadora de los EE. UU. visita la Destiny, Camile y el sargento Greer quedan atrapados cuando Homeworld Command sufre un ataque alienígena.
Episodio 14
El cuerpo de Chloe es tomado por la mente de alguien que la tripulación creía muerto. Mientras tanto, el Dr. Volker cae víctima de una enfermedad que pone en peligro su vida.
Episodio 15
Con la ayuda de el Dr.Rodney McKay y Richard Woolsey, Homeworld Command tratará de convencer a sus aliados del planeta Langara, que se sospecha podrían sufrir una infiltración de la Alianza Lucian, para que les dejen usar ...
Episodio 16
Un equipo es atacado y sus miembros son capturados por una criatura extraterrestre mientras exploran un planeta.
Episodio 17
La Destiny descubre a los supervivientes de una expedición interplanetaria que afirman que su civilización, Novus, fue fundada dos mil años antes por la tripulación de la Destiny. Sin embargo, los drones que atacaron la nave ...
Episodio 18
Al devolver a los colonos a su planeta de origen, Novus, la tripulación descubre que éste ha sido abandonado y permanece al borde de la destrucción sísmica. En la superficie, la tripulación conoce las vidas de ...
Episodio 19
La Destiny está siendo acosada por los drones, que impiden que la nave recargue energía. Eli idea un osado plan para obtener energía de una estrella Supergigante azul, contando con la ayuda de Rush. Mientras, el Coronel Young ...
Episodio 20
Tras ampliar los sensores de la Destiny, la tripulación descubre que todos los stargates de la galaxia están rodeados de naves portadoras de drones. Este hecho imposibilita que la tripulación pueda reabastecerse de energía y alimentos. ...
